İbrahim ibn Yaqub ibn Əli ibn Muhəmməd ibn Hüseyn miladi təqvimlə 1953-cü ili may ayının 12-də (hicri təqvimlə 1372-ci ilin şaban ayının 15-ci günü, sübhə yaxın bir vaxtda) Nigeriyanın şimalında yerləşən Zaria (və ya: Zakzau və ya Zakzak) şəhərinin elm və alimlik ilə məşhur bir ailəsində dünyaya göz açıb. Gəncliyinin ilk illərində atası vəfat edincə, qardaşları ilə bərabər anasının himayəsində böyümüşdür.
Şeyx İbrahim əz-Zəkzəkinin üçüncü babası “imam” (öndər) ləqəbli Hüseyn Nigeriyada azadlıq və haqların bərpası uğrunda mücadilə aparan məşhur mücahidlərdən olmuşdur. Onun birinci babası “tacüddin” (dinin tacı) ləqəbli Əli ibn Muhəmməd isə Quran hafizi olmuş, eyni zamanda mücahidlərdən olmuşdur.
Şeyx İbrahimin atası Yaqubun doğulduğu Zaria şəhəri Nigeriyanın ən önəmli elm və təhsil mərkəzlərindən idi. İndinin özündə də Nigeriyanın daxilindən və xaricindən dini elm almaqdan ötrü bu şəhərə köç edilir. Belə bir mühitdə böyüyən İbrahim kiçik yaşlarından elmə atılmışdır. Bölgə camaatının adətinə uyğun olaraq, uşaqlar ilk öncə Qurani-Kərimin əzbərlənməsi və təməl fiqhi prinsipləri öyrənməklə təhsilə başlayırdılar. İbrahim də bu elmləri atasının yanında öyrənmiş, ərəb dilinin qaydalarını isə nənəsi Hacər xanımın və bir sıra başqa alimlərin yanında mənimsəmişdir. Qısa bir müddətdə bu mərhələni adlayan İbrahim daha dərin təhsil almaq üçün Zarianın böyük alimlərinin yanında dərsə başlayır. Bu mərhələdə öz yaşıdlarından və hətta yuxarı pillədə təhsil alan şagirdlərdən belə fərqlənməyi bacaran İbrahim, həmin mərhələni adladıqdan sonra dövrün tələblərinə uyğun olaraq müasir tipli dövlət məktəblərində təhsilə başlamaq istəyir. Bu istəklə 1969-cu ildə “Ərəb dili müəllimləri hazırlanma məktəbi” adlanan dövlət məktəbinə qoşulur. Dörd il sonra təhsilini tamamlayıb diplom alır. Bu diplomla dövlət müəssisələrində rəsmi işə qoşula və daha yüksək məktəblərdə dərs ala bilərdi.
Şeyx İbrahim təhsil almağı üstün tutaraq elmini kamilləşdirməkdən ötrü Kano şəhərinə üz tutur. Burada 1972-1975-ci illər arasında “Ərəb elmləri məktəbi” adlı məktəbdə təhsil alır. Bu, Nigeriyanın şimalında yerləşən və şəriət qaziləri məzun edən bir məktəb idi. Şeyx İbrahim bu müddətdə Kano şəhərinin böyük alimlərinin elmindən yararlanır.
O, İslam Peyğəmbərinin (sallallahu əleyhi və alihi və səlləm) “aqil adam zəmanəsin(in tələblərin)dən agah olmalıdır” kəlamına uyaraq, təkcə dini elmlər almaqla yetinməmiş, eyni zamanda akademik təhsilə də böyük maraq göstərərək siyasi, iqtisadi, idarəetmə və s. bu kimi dünyəvi elmlərə də can atmışdır. Bunun məntiqi nəticəsi kimi, o, doğma şəhəri Zariaya qayıdaraq Zaria Əhməd Ballu Universitetinin iqtisadiyyat fakültəsinə daxil olmuşdur. 1976-1979-cu illərdə burada təhsil almış, nəticədə dövlət səviyyəsində dini, ictimai, siyasi və mədəni bir şəxsiyyətə çevrilmişdir. Təhsil illərində məscidlərin birində imamlıq vəzifəsi yerinə yetirməklə yanaşı universitetin “Müsəlman Tələbələr Birliyi” adlı təşkilatının fəal bir üzvü kimi də fəaliyyət göstərmişdir. O, bu təşkilatda bir sıra önəmli vəzifələr tutmuş, 1977-1978-ci illərdə birliyin sədri seçilmiş, ardınca 1979-cu ildə bütün Nigeriya universitetləri sədrinin müavini və Nigeriya universitetləri müsəlman tələbələr birliyinin xarici əlaqələr üzrə baş katibi seçilmişdir.
Şeyx İbrahim Zaria Universitetini yüksək fərqlənmə diplomu ilə bitirsə də, dövlət onun Nigeriyanın daxilində və xaricində təhsilini davam etdirə bilməməsi üçün bu diploma qadağa qoyaraq diplomu ona verməmişdir.
1979-cu il İran İnqilabından sonra Şeyx İbrahim İranın Qum şəhərinə köçərək burada dini təhsilinə davam etmişdir. Ötən əsrin səksəninci illərindən bu yana təhsilini uzaqdan davam etdirir. Həmin səksəninci illərdə Nigeriyada olduğu müddətdə o, Seyyid Muhəmmədtəqi Təbətəbai Yəzdinin başçılığı ilə Qanada fəailyyət göstərən “Əhli-Beyt mədrəsəsi” adlanan elmi hövzəyə də baş çəkir, oranın dərslərində iştirak edərək ustadı Muhəmmədtəqi Təbətəbai Yəzdinin yanında elmi məsələləri müzakirə edirdi.
Qüds məsələsi kimi ümumislami problemləri gündəmə gətirdiyi, Nigeriyada hökm sürən diktatorluq, zülm və özbaşınalığa etiraz etdiyi, ictimai ədalət və kasıblığın aradan qaldırılması kimi tələblər irəli sürdüyü və kapitalizm və kommunizm kimi ideoloji cərəyanları tənqid etdiyinə görə, dəfələrlə həbslərə və sui-qəsdlərə məruz qalmış, hökumət qüvvələri tərəfindən özünə və tərəfdərlarına qarşı dəfələrlə silahlı hücum edilmiş və belə hücumların birində (2014-cü il, Beynəlxalq Qüds Günü münasibətilə tərtib edilmiş mərasimdə) Əhməd, Həmid və Əli adlı üç oğlunu itirmişdir. Şeyx Zəkzəki islam dininin gərəyi olaraq başqa dinlərdən və məzhəblərdən olan insanlara qarşı isti və humanist mövqe sərgilədiyindən, hazırda təkcə Nigeriyanın özündə onun sayları milyonlarla ölçülən tərəfdarları vardır.